Khu vực sông có người Peru định cư từ 1870 đến 1878, song đã bị giới những người thu thập cao su Brasil xâm chiếm vào thế kỷ tiếp sau trong thời kỳ bùng nổ cao su và trở thành một sông nhánh quan trọng của thị trường cao su Iquitos, Peru, Manaus và Pará. Năm 1899, chính phủ Bolivia lập một định chế nội bộ tại Puerto Alonso, bên sông Acre, nhằm thu thuế đối với hoạt động xuất khẩu cao su, và sau đó gây nên một cuộc xung đột với những người định cư Brasil, cuối cùng đã dẫn tới tranh chấp biên giới giữa hai nước. Vào tháng 7 năm 1899, "Acreanos" tuyên bố độc lập và lập nên một nước cộng hòa riêng của mình, song sau đó họ đã chịu khuất phục trước Brasil. Rối loạn đã dẫn đến việc Brasil quyết định cử quân đội đến chiếm Puerto Alonso. Tranh chấp biên giới được giải quyết tại Petropolis vào ngày 17 tháng 11 năm 1903, với việc Brasil mua lại các lãnh thổ sản xuất cao su, phía nam vĩ tuyến 9.